logo

logo

Manfaat dan Metode Marka (Penanda) Molekuler


Dalam dunia biologi molekular terdapat istilah “marka molekuler” (molecular marker) atau dapat juga diartikan penanda molekuler. Pembahasan molekular dalam biologi yang dimaksud adalah mengacu pada materi asam nukleat terutama DNA. Seperti yang kita ketahui, DNA memiliki sekuens (baca:urutan) yang terdiri dari empat huruf yakni A, T, G, dan C yang memiliki pola tertentu dalam urutannya. Pola-pola sekuens itulah yang nantinya akan menjadi suatu marka atau penanda dengan ciri khas dari suatu sekuens DNA (baca: nukleotida). Untuk lebih gampangya adalah contoh marka jalan raya ada yang berupa garis putus-putus dan garis yang tidak putus-putus. Garis itu memiliki ciri khas tersendiri bagi suatu jalan raya begitu pula dengan marka molekular pada sekuens DNA.  

Pengertian marka molekuler juga disebut marka fenotipik adalah sekuen DNA yang dapat diidentifikasi dengan suatu metode tertentu yang terdapat pada lokasi tertentu dalam suatu genom serta dapat diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Kalau masih bingung, maka secara ringkas marka molekular yakni berupa urutan DNA. Dengan berbagai metode identifikasi tertentu, maka urutan DNA itulah yang nantinya akan menjadi suatu ciri khas dari pola urutan DNA. 

Namun ada juga yang mengatakan dengan lebih spesifik bahwa marka molekular adalah suatu metode yang bertujuan untuk menunjukkan keberadaan suatu urutan DNA pada suatu genom tertentu. Marka molekular pada umumnya berupa daerah yang conserve alias daerah yang perubahannya sangat sedikit atau tidak mengalami perubahan akibat berbagai faktor seperti mutasi, insersi, dan seleksi alam. Karena marka molekular adalah urutan DNA yang bersifat conserve, maka daerah tersebut juga diwariskan kepada keturunannya. Dengan adanya daerah conserve inilah dapat dilakukan berbagai macam analisis untuk mengetahui karakter suatu DNA pada mahkluk hidup. 

Marka molekuler juga dikatakan  marka genetik atau penanda molekular adalah sekuens DNA yang dapat diidentifikasi dalam suatu genom pada lokasi tertentu serta dapat diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Penanda molekular juga dapat diekspresikan serta dapat membentuk karakter fenotip sehingga dapat digunakan untuk mengidentifikasi individu atau sel yang membawa informasi genetik tersebut. Aplikasi dari penanda molekular sangat beragam sehingga pemilihan penanda molekular harus disesuaikan dengan organisme yang akan diteliti dan jenis DNA yang akan dianalisis sekuensnya. Penanda molekular dapat digunakan untuk analisis genom DNA yang terdapat di nukleus, mitokondria, kloroplas, atau plasmid (Semagn et al., 2006).

Menurut Mondini et al. (2009), penggunaan penanda molekular memiliki kelebihan yakni bersifat aplikatif karena dapat mendeteksi bagian genom baik berupa intron, ekson, maupun daerah regulasi yang lain; tidak dipengaruhi oleh efek epistatis; mampu mendeteksi adanya polimorfisme; dan beberapa diantaranya bersifat ko-dominan yakni mampu mendeteski semua alel pada lokus tertentu.

Azrai (2005) menyebutkan bahwa pemanfaatan penanda molekular sebagai alat bantu seleksi Marker Assisted Selection (MAS) memiliki banyak keuntungan jika dibandingkan dengan menggunakan seleksi secara fenotipik yang merupakan produk kumulatif dari genotip dan lingkungan. Seleksi dengan cara menggunakan penanda molekular didasarkan pada sifat genetik saja yang tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan.

Untuk mendeteksi adanya marka molekular, berikut adalah beberapa metode atau teknik yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan jenis marka molekuler berbasis PCR antara lain: 

  1. RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms)
  2. SSRs (Simple Sequence Repeats-SSRs)
  3. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms)
  4. RAPD (Random Amplified Polymorphisms DNA
  5. STS (Sequence-Tagged Sites)
  6. SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions)
  7. ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat)
  8. ESTs (Expressed Sequence Tags)
  9. CAPs (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences)
  10. dCAPS (Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequences)
  11. MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing)
Adapun penjelasan lengkap mengenai jenis penanda molekuler dapat dibaca di tulisan berikut: 

Subscribe to receive free email updates: