Menurut Semagn et al (2006), definisi marka (penanda) molekuler adalah sekuen DNA yang dapat diidentifikasi, dan terdapat pada lokasi tertent pada genom, dan dapat diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Ibaratnya sebuah barcode, keberadaan marka molekular tersebut secara prinsip memiliki perbedaan, sehingga untuk memilih dan pengaplikasian harus dengan hati-hati. Definisikan marka genetik merupakan gen […]
Biologi Molekular
Pengertian dan Mekanisme Kerja CRISPR-Cas9
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats yang disingkat menjadi CRISPR adalah suatu segmen DNA tertentu pada prokariota (bakteri dan archaea) yang terdiri dari sekuens atau urutan nukleotida dengan repitisi pendek. Masing-masing repetisi tersebut diikuti dengan segmen pendek lainnya yakni DNA Spacer secara selang-seling (Gambar 1). Pada genom bakteri, 40% genomnya tersusun atas CRISPR sedangkan pada genom archaea […]
Sistematika dan Filogenetika Molekuler
Selama berabad-abad, para ilmuwan berusaha mendeteksi, mendeskripsikan, dan menjelskan keanekaragaman hayati dengan pendekatan sistematika. Cabang pengetahuan tersebut sangat penting dalam kajian biologi karena sistematika memiliki peranan sentral dalam memberikan sebuah pengetahuan untuk mengkarakterisasi suatu organisme dan sebagai perangkat untuk memahami sebuah biodiversitas. Sistematika secara fundamental bertujuan untuk mendeskripsikan suatu biodiversitas serta menjelaskan hubungan kekerabatan terhadap […]
Database Biologi Molekular
Dalam perkembangan ilmu biologi molekular, database adalah kumpulan data yang terkomputerisasi dan saling terkait satu sama lainnya. Database diperuntukkan sebagai penyimpan dan pengambil informasi melalui proses pencarian. Untuk mempermudah penyimpanan dan pengaksesan dari seluruh penjuru dunia, maka digunakanlah world wide web. Data dari para ilmuwan dengan berbagai bidang biologi molekular seperti data genomik, proteomik, metabolomik, […]
Metode Sekuensing Kimiawi (Maxam-Gilbert)
Metode sekuensing DNA yang pertama dikenal adalah metode kimia yang dikembangkan oleh A.M. Maxam dan W. Gilbert pada tahun 1977. Pada metode ini fragmen-fragmen DNA yang akan disekuens harus dilabeli pada salah satu ujungnya, biasanya menggunakan fosfat radioaktif atau suatu nukleotida pada ujung 3’. Metode Maxam-Gilbert dapat diterapkan baik untuk DNA untai ganda maupun DNA […]
Pengertian, Prinsip, dan Manfaat Sekuensing DNA
Sekuensing adalah teknik untuk menentukan urutan basa nukleotida dari urutan suatu DNA seperti adenin, timin, guanosin, dan sitosin. Teknologi sekuensing DNA mengalami perkembangan sejak dua dekade lalu hingga saat ini. Pada awal 1970-an seseorang membutuhkan waktu sekitar satu tahun hanya untuk menyelesaikan 100 urutan basa DNA. Sebuah perjuangan panjang untuk mensekuensing urutan DNA pada saat […]
Penanda Molekular RAPD
Penanda molekular RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) adalah aplikasi PCR yang digunakan untuk untuk mendeteksi adanya suatu polimorfisme DNA dalam suatu populasi atau antarpopulasi. Penanda RAPD pertama kali ditemukan untuk mendeteksi adanya polimorfisme dalam suatu segmen DNA. Teknik PCR RAPD dapat mendeteksi DNA polimorfik yang disebabkan oleh tidak adanya amplifikasi pada suatu lokus yang disebabkan […]
Pengertian dan Prinsip Kerja Real Time PCR
Real Time PCR adalah teknik yang digunakan untuk memonitor progress reaksi PCR pada waktu yang sama (Biosoft, 2007). RT-PCR juga dikenal sebagai quantitative PCR (qPCR). Jumlah produk PCR (DNA, cDNA atau RNA) yang relatif sedikit, dapat dihitung secara kuantitatif. Prinsip kerjanya didasarkan pada deteksi fluoresensi yang diproduksi oleh molekul reporter yang meningkat sejalan dengan berlangsungnya proses PCR. […]
Isolasi RNA
Isolasi RNA messenger (mRNA) adalah salah satu teknik dasar biologi molekular yang digunakan untuk mengetahui ekspresi suatu gen baik pada hewan maupun tumbuhan. RNA messenger adalah hasil transkripsi DNA dengan tujuan untuk ditranslasi menjadi protein. Hasil transkripsi DNA yang berupa RNA messenger tersebut memiliki peran penting terhadap ekspresi suatu gen dan biosintesis protein. Semua komponen di level […]
Bagaimana Cara Memotong DNA?
Dalam ilmu biologi melekular, aktivitas memotong DNA adalah salah satu kegiatan yang sering dilakukan. Pemotongan DNA dapat menggunakan enzim endonuklease yang sering dilakukan dalam teknik biologi molekuler dengan menggunakan DNA sebagai bahan kajian. Enzim endonuklease yang memutus ikatan fosfodiester pada DNA dikelompokakan kedalam nuklease. Enzim nuklease dibagi menjadi dua yakni eksonuklease yang memutus ikatan fosfodiester […]